玉名市築地にある。社伝によると、天喜5年(1057年)に築地村の郷土である徳発が、阿蘇神社から四の宮の神霊をお迎えして小代山中の四岐(よまた)に祭祀しました。その後、戦国時代の天正9年(1582年)に大野氏と小代氏(しょうだいし)の戦いで大野氏の武士49人が討死し、その魂が四十九池周辺に現れたことから、四岐の阿蘇大明神をその周辺に移し四十九池神社としたと伝えられています。また、小代氏に追われた大野氏の女性49人が池に身を投じたことが名称の由来になったという伝承もあります。
さらにこの地は景行天皇が九州遠征時に立寄った行宮(あんぐう)の地としても知られます。
築地全体の氏神として、毎年10月15日の大祭では、神楽や手作りの花火が奉納され、たくさんの人で賑わいます。